Japonya'nın gizli kalmış dağlık bölgelerinde Iga ve Kouga adlı iki farklı Ninja köyü bulunmaktadır. Bu köylerde sadece Shinobi denilen öldürme sanatı öğretilmektedir. Köylerin yaşama sebebi budur, canlı ölüm makineleri yetiştirmek. Bu köyler birbirlerine düşmandır, fakat çok uzun yıllar önce bir anlaşma imzalayarak birbirleriyle savaşa son vermişlerdir. Şimdi ise ülkede barış vardır ve bu acımasız katillere ihtiyaç yoktur. Bunu bilen yönetim aradaki bu anlaşmayı kaldırarak iki klanın tekrar savaşmasını ve birbirini yok etmesini istemektedir. Her iki köyden en yetenekli savaşçılar seçilerek birbirleriyle karşılaşacaktır, fakat tam olarak bu böyle olmayacak, ortada bir de düşmanlar arasında aşk varsa, bu savaşın dramatik boyutu artacaktır.
