16 yaşında Fransa Kraliçesi olan Mary Stuart (Saoirse Ronan), 18 yaşında dul kalır ve omuzlarına yeniden evlenme baskısı yüklenir. Ancak Mary'nin buna hiç niyeti yoktur. Genç kadın bunun yerine, yurdu İskoçya'ya geri döner ve hakkı olan tahtı geri ister. Fakat İskoçya ve İngiltere'nin yönetimi, etkileyici genç Kraliçe Elizabeth'in (Margot Robbie) yönetimi altındadır. İki genç kraliçe, birbirlerinden bambaşka hayatlar yaşasa ve çok farklı karakterlerde olsalar da, ilk başta omuz omuza vererek iki ülkede barışı sağlamayı hedeflerler. Ancak zamanla kıskançlık ve hırs ön plana çıkmaya başlar. İki genç kadın, erkek egemen bir dünyada, hem tahtta hem de aşkta rakip konumundayken, bağımsızlığa karşı evlilik oyununu nasıl oynayacaklarına karar vermelidir. Bu süreçte yaşanan ihanetler, isyanlar ve entrikalar tarihin akışını belirleyecektir.