Mothra, Rodan ve ezeli düşmanı olan üç başlı Kral Ghidorah ile çatışan tehlikeli Godzilla da bu devasa boyutlardaki güçlü canavarların arasında yer alır. Bu efsane oldukları sanılan antik süper türler tekrar yükselip de karşı karşıya geldiğinde hepsi üstünlük için mücadeleye girişir. Bu tehlikeli mücadele sırasında insanlığın var oluşunun dengesi de pamuk ipliğine bağlı bir hale gelir. Bu savaşta kimin kazanacağı, insanlığın kaderini olduğu kadar gezegenin baskın türünün kim olacağını da kanıtlayacak hale gelir.
