CIA'in Berlin'deki bir operasyonu sırasında bir CIA ajanı ve bilgi alışverişi yapmak istediği muhbir öldürülür. Suikasti gerçekleştiren tetikçi geride Jason Bourne'un parmak izini bırakır. Gerçek Jason Bourne ise tüm bu olaylardan habersiz kendisine yeni bir hayat kurmaya çalışmaktadır. Hafızasını kaybettiği olayın üzerinden yaklaşık iki yıl geçmiştir. İzleri bulunmasın diye hiç bir şehirde uzun süre kalmayan Bourne ve Marie'nin son durağı Hindistan'da bir kasabadır. Bourne her ne kadar izini kaybettirmiş görünse de eski anılarına dair kabusları peşini bırakmamaktadır. Hala bellek kaybının etkisinde olan Bourne, şiddet dolu geçmişini geride bırakarak kız arkadaşı Marie ile huzurlu bir hayat yaşamaya başlamıştır. Fakat planları bir gün kendisine yapılan bir suikast girişimden ucu ucuna kurtulması ile paramparça olur. Şimdi bilinmeyen düşmanı tarafıdan izlenen Bourne hem kolay bir hedef olmadığını hem de becerileri, kararlılığı ve çevikliğiyle hafife alınmayacağını kanıtlamak zorundadır.
