Kötülerin başı Khan, Kirk'e karşı ölümcül bir tuzakla geri gönüyor!
23. yüzyılda Amiral James T. Kirk artık yaşlanmıştır. Ama hala gemisi Enterprise de masa başında da olsa görev yapmaktadır. Dr. McCoy ve Mr. Spock özel ve kolay bir görevde yer alması için Amiralı ikna ederler. Ancak gizemli Khan'ın ortaya çıkışıyla işler karışır. Yıllar önce yaşanan bir olay yüzünden Amiral Kirk'ten intikamını ancak onu öldürerek almaya azimli Khan, Genesis adlı projeden de haberdardır.
