Aslında tüm dünya içinde yaşadığımızı sandığımız simulasyon bir dünyadır. 'Yapay Zeka' ile insanoğlunun girdiği savaşta 'yapay zeka' galip gelmiş ve insaoğlunu köleleştirmiştir. Neo (Keanu Reeves), Trinity (Carrie Anne Moss) ve Morpheus'un da yardımıyla tüm donanımını kurup bu düzeni yıkmaya çalışan, 'gerçeği bilen' bir avuç insanın arasına katılır.
