İlk serüvenin sonunda başka bir gezegende değil, mahfolmuş bir dünyanın geleceğinde olduğunu anlayan Taylor ve Nova, Yasak Bölge'deki seyahatlerini sürdürmektedirler. Bu arada Brent isimli bir astronot, Taylor'ı bulmak için gönderilen kurtarma misyonu sırasında zaman bariyerini aşarak aynı Taylor gibi zorunlu iniş yapar.
Brent, at sırtında tek başına dolaşan Nova'ya rastladığında, konuşmayı bilmeyen genç kadından bir şekilde Taylor'ın yasak bölgede kaybolduğunu öğrenir. Gerçekte Taylor, yeraltındaki tünellerde yaşayan bir grup insan tarafından esir tutulmaktadır. Kendilerince tuhaf bir din geliştirmiş ve telepatik özellikleri de olan bu insanlar Maymunların Yasak Bölge'yi istila etmek üzere olduğuna inanmaktadırlar. Ellerinde herşeyi sona erdirecek çok güçlü bir silah vardır ama bütün bunlar gezegenin bu sefer tamamen yokolmasına sebep olabilecek gibi durmaktadır.
