Atılgan ezeli düşmanları Khan ile girdiği son savaşta kazanmış ve Khan'ı yok etmeyi başarmıştır. Ancak bir çok kayıp vererek bunu yapmıştır. Mürettabat kötü haberlerle üsse dönmüştür: Kaptan Spock'ın öldüğü düşünülmektedir. Bu haber herkesi şok ederken, Dr. McCoy'un akıl hastalığına neden olan bir virüsü kapması ikinci bir üzüntü yaratır.
Spock'un babası Sarek ile görüşen Kirk, Genesis gezegenine dönmek ve Spock'u bulmak için izin alır. Yola çıkan Kirk ve ekibini kötü sürprizler beklemektedir.
