Babasının bir suikastçı olduğunu öğrenen Miles, kendisinin de suikastçılar kampına yazdırıldığını fark eder ve oradan kaçarak hayatını yeniden şekillendirmeye çalışır. Bir barmen olarak çalışan Miles sakin hayatına devam edemeyecektir çünkü 2012 yılında ABSTERGO firması tarafından kaçırılır. Bunun nedeni ise, 500 yıl önceki atalarının hafızasındaki Desmond'ın DNA'sından anılar görüntüleyip haklarında bilgi sahibi olmak istemeleridir. Desmond Miles denek 17 olarak Animus adlı makineye bağlanır ve son suikastçı olduğu anlaşılır. Dünyayı kurtarmak için ise kendisini feda etmek zorunda kalır.
