John Wagner, profesyonel kariyerine 1969 yılında İskoçya'daki ünlü yayıncı D.C. Thomson bünyesinde adım attı. Birkaç yıl sonra bağımsız çalışmaya başlayan yazar, yakın dostu Pat Mills ile birlikte bir bahçe kulübesinde çizgi roman senaryoları üretmeye başladı. İkili, 1970'lerin ortalarında İngiliz çizgi roman tarihine yön verecek olan Battle Picture Weekly dergisinin kurulmasına öncülük etti.
Wagner'ın kariyerindeki ve dünya çizgi roman tarihindeki en büyük dönüm noktası, 1977 yılında kurulan bilimkurgu antolojisi 2000 AD dergisi oldu. Sanatçı Carlos Ezquerra ile birlikte, distopik bir gelecekte hem polis, hem yargıç, hem de cellat olan "Judge Dredd" karakterini yarattı. Bu karakter, İngiliz popüler kültürünün en büyük figürlerinden biri haline geldi ve iki kez Hollywood sinemasına uyarlandı. 2000 AD çatısı altında Strontium Dog, Robo-Hunter ve Button Man gibi pek çok kült seriye daha imza attı.
1980'lerde uzun yıllar boyunca bir diğer efsane yazar Alan Grant ile ortaklaşa çalışan Wagner, Amerikan pazarına da açılarak DC Comics için Batman (özellikle Batman: Anarky) serisini yazdı. En önemli başyapıtlarından biri olan "A History of Violence" (Şiddetin Tarihçesi) adlı 1997 tarihli grafik romanı, 2005 yılında ünlü yönetmen David Cronenberg tarafından sinemaya uyarlanmış ve Oscar adaylığı elde etmiştir. Kara mizah, sert polisiye ve gerilim türündeki özgün anlatım tarzıyla çizgi roman dünyasında ekol yaratmış bir isimdir.
